Organami Spółki AQUA-Sopot Sp. z o.o. są:
- Zgromadzenie Wspólników,
- Rada Nadzorcza,
- Zarząd.
Wspólnikiem Spółki, reprezentowanym przez Prezydenta Miasta Sopotu, jest Gmina Miasta Sopotu posiadająca 100% udziałów.
Zarząd Spółki:
Prezes Zarządu - Marcin Burakowski
Rada Nadzorcza:
Mirosław Goślicki
Ewa Frymark
Rafał Dubel
Wojciech Szczurek